为捍卫学术自由，遏制中国在大学校园发挥影响力，德国教育部长呼吁大学停止与孔子学院的合作。
德国负责国内安全工作的“联邦宪法保护局”（BfV）在刚发布的年度报告指出，由于全面收集情报的作为，中国在经济、学术间谍及外国直接投资领域是“最大的威胁”。
报告还称，在中共扩大影响力的策略中，孔子学院尤其扮演“传播中国无暇形象”的角色，在教育和研究领域，中国的行动和合作机制对学术自由恐造成伤害。
中国目前在德国经营19所孔子学院，其中绝大多数附属在各地的大学。
针对情报单位的警告，德国内政部一名发言人告诉“商报”（Handelsblatt），从国家安全的观点来看，这类合作“非常有问题”，因此内政部经常提醒大学注意相关的风险。
这名发言人说，孔子学院经费相当部分来自中国政府预算，可大幅减轻合作大学的财务负担，却有过度依赖和学术自我设限的危险。
德国教育及研究部部长史塔克－瓦特辛格（Bettina
Stark-Watzinger）表示，面对中国对学术研究和教学的“直接影响”，有必要“划清界线”，她要求德国各自独立运作的大学结束与孔子学院的合作。
近年由于政治宣传的疑虑，杜塞尔多夫（Düsseldorf）、汉堡（Hamburg）、法兰克福（Frankfurt）、特里尔（Trier）等大学已终止与孔子学院的合作。
史塔克－瓦特辛格接受“商报”访问时认为，应该有更多大学负起责任，用批判性眼光检讨与孔子学院的关系。
在德国，北京施压孔子学院最著名的例子是2021年10月的一场新书发表会。
当时“世界报”（Die Welt）发行人奥斯特（Stefan Aust）和曾任驻北京记者的佳杰思（Adrian
Geiges），原本打算在杜伊斯堡-艾森（Duisburg-Essen）大学孔子学院举行“习近平 -
世界上最具权势的人”新书发表会，这本书号称是第一本有关中国领导人习近平的传记，不料活动临时被取消。
奥斯特表示，这本书其实客观陈述习近平的一生，分析他对中国的影响力，中方却以习近平“不能碰”和“无法讨论”为由取消活动，可见书中指国家领导人在中国有超乎常人地位的分析没错。